Mit Wirkung zum 01. Januar 1999 wurde die steuerliche Förderung für die deutsche Seeschifffahrt neu geregelt. Die Neuregelung erfolgte durch das Seeschiffahrtsanpassungsgesetz und wurde in § 5a EStG niedergelegt. Diese neue Regelung wird als "Tonnagesteuer" bezeichnet. Danach ist nicht mehr das Führen der deutschen Flagge Maßstab für die Förderung sondern die Sicherung und der Ausbau der Beschäftigung und Wertschöpfung in Deutschland. Die bisherige Form der Besteuerung bleibt dabei bestehen, so dass jede Gesellschaft eine Wahlmöglichkeit zwischen zwei steuerlichen Alternativen hat. Nach der Ausübung des Wahlrechts ist das Unternehmen für eine Dauer von 10 Jahren an die gewählte Form gebunden.

Bei der Tonnagesteuer handelt es sich nicht um eine neue Besteuerungsart, sondern um eine neue Vorgehensweise bei der Ermittlung des Gewinns, der anschließend wie üblich der Einkommensteuer unterworfen ist. Bei der bisherigen Gewinnermittlung werden die tatsächlichen Gewinne (bzw. Verluste) der Gesellschaft zur Besteuerung herangezogen. Bei der Tonnagesteuer hingegen wird der Gewinn pauschal nach der Schiffsgröße berechnet, unabhängig von den tatsächlichen Gewinnen oder Verlusten der Gesellschaft.

Die Möglichkeit, innerhalb der ersten drei Jahre nach Beginn von "Einkünfte aus internationaler Seeschiffahrt" zu optieren, lässt auch weiterhin wesentliche Verlustzuweisungen an die Gesellschafter innerhalb dieser drei Jahre bis zum Wechsel zur Tonnagesteuer zu. Bei Ausübung der Option zur Tonnagesteuer tritt eine 10-jährige Bindungsfrist an diese Gewinnermittlungsart ein.

Ab dem Wechsel zur Tonnagesteuer können Sonderbetriebsausgaben des Gesellschafters (z.B. Reisekosten zur Gesellschafterversammlung, Steuerberater, Refinanzierungskosten) nicht mehr steuerlich geltend gemacht werden.

Zum Zeitpunkt des Wechsel zur Tonnagesteuer müssen die stillen Reserven des Schiffes als Übergangsgewinn aufgedeckt werden. Das ist im wesentlichem der Unterschiedsbetrag zwischen dem Teilwert (= Marktwert des Schiffes) und dem Buchwert; sowie allen anderen stillen Reserven. Dieser Unterschiedbetrag ist in die sogenannte Tonnagesteuer-Rücklage einzustellen.

Die Auflösung der Tonnagesteuer-Rücklage erfolgt spätestens beim Verkauf des Schiffes und ist mit dem persönlichen Steuersatz dann zu versteuern. Ein vorzeitiger Verkauf des Schiffes oder von Anteilen der Gesellschafter ist aber jederzeit möglich, dieses führt aber zur vorzeitigen Auflösung der "Tonnagesteuer-Rücklage". Dies gilt auch für eine eventuelle Rückkehr zur Normalbesteuerung nach 10 Jahren.

Weil im Rahmen der Tonnagesteuer die laufenden pauschalen Gewinne sehr gering sind, ergibt sich darauf eine Einkommensteuer, die in ihrer Höhe vernachlässigbar ist. Anstelle des tatsächlich erzielten Ergebnis wird die sehr geringe Tonnagesteuer auf der Grundlage der Nettoraumzahl (NRZ), wie sie im Schiffsmessbrief ausgewiesen ist, errechnet. Der Gewinn beträgt pro volle 100 NRZ pro Tag:

Eine weitere Komponente der Tonnagesteuer ist der zu versteuernde Unterschiedsbetrag. Dieser Betrag ist die Differenz zwischen Buch- und tatsächlichem Wert des Schiffes im Vorjahr des Wechsels zur Tonnagesteuer. Der Unterschiedsbetrag wird als Gewinn betrachtet und ist entsprechend zu versteuern, wenn die zehnjährige Phase der Tonnagebesteuerung beendet ist (und nicht auf Gesellschaftsbeschluss verlängert wird) oder wenn das Schiff veräußert wird. Sowohl laufende Gewinne als auch Unterschiedsbetrag werden gemäß der Beteiligungshöhen auf die Gesellschafter umgelegt.

In der Regel wirkt sich die Inanspruchnahme der Tonnagesteuer vorteilhaft für die Gesellschafter aus.

Steuerliche Veränderungen 2004

Zum 01. Januar 2004 sind einige Änderungen bei der Tonnagebesteuerung in Kraft getreten.

Das sog. „Kombinationsmodell" wird es für Schiffsbestellungen - die nicht der u.g. Übergangsregelung unterliegen - ab 2006 nicht mehr geben. Zukünftig ist für Schiffe mit Bestelldatum nach 2005 im Jahr der Ablieferung zu entscheiden, ob die Tonnagesteuer oder die normale Besteuerung angewendet werden soll. Vor Indienststellung des Schiffes erwirtschaftete Gewinne werden nicht besteuert; Verluste sind nicht abzugsfähig. Die Wahl der Besteuerungsart gilt für 10 Jahre.

Für Bestellungen bis zum 31.12.2005 gilt eine Übergangsregelung bis Anfang 2007. Im Endeffekt bedeutet dies, dass für Schiffsprojekte die in 2004 angeboten werden, letztmalig für drei Jahre (2004-2006) negative steuerliche Ergebnisse geltend gemacht werden können. Dies verringert sich für Schiffe des Jahres 2005 auf zwei Jahre (2005 und 2006) sowie für Schiffe des Jahres 2006 auf ein Jahr (2006); bevor jeweils zum 01. Januar 2007 zur Tonnagesteuer optiert wird.